近日，中国农业科学院蔬菜花草研究所葫芦科蔬菜遗传育种立异团队于黄瓜基因组学方面取患上主要进展，初次完成靠近完备的黄瓜参考基因组拆卸以及基因解释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相干研究结果揭晓于《份子动物（Molecular Plant）》（IF5 year = 21.4）上。

黄瓜（Cucumis sativus L.）是葫芦科（Cucurbitaceae）的主要经济蔬菜作物。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA以及微卫星等繁杂反复序列构成的，这个比例远高在水稻、玉米以及西瓜等作物（ 5%），而且受其时测序技能及拆卸要领的限定，今朝广泛使用的华北密刺型（‘ChineseLong’）黄瓜自交系‘9930’参考基因组（CLv3.0版本）仍旧有年夜量未知序列（~130 Mb）以及72个缺口；与此同时，这些反复序列也严峻影响基因解释的正确度，黄瓜参考基因组品质亟待提高。

C���Lv4.0以及CLv3.0基因组序列比力

为此，该研究初次接纳ONT+HiFi+HiC的计谋，得到了仅剩1个缺口的黄瓜参考基因组近完成图（CLv4.0）；基在年夜范围三代全长以及二代转录组数据，构建了靠近完备的黄瓜参考转录本数据集（CsRTD1），BUSCO值达99.19%；整合泛基因组、群体变异组、转录组和焦点种质质料信息，搭建了第一个黄瓜多组学数据库Cucumber-DB（http://www.cucumberdb.com/），可为黄瓜功效基因组学以及份子育种研究提供周全的同享平台。

黄瓜参考转录本数据集构建及评估

黄瓜多组学数据库Cucumber-DB先容

该研究获得蔬菜生物育种天下重点试验室、国度重点研发规划、中国农业科学院科技立异项目工程和国度现代农业财产技能系统等工程的资助。